Лоботомир.
Все, нашел я сочетание настроек, при которых цепочки писем
выстраиваются по дискуссиям 
Единственное, что нужно после
обновления и установки настроек перезапустить Thunderbird 3 и
переиндексировать папки с не желающими укладываться ровно цепочками.